สารเคมีที่ต้องทำลายนั้น อาจจะเป็นสารเคมีที่เก็บไว้นานแล้วและไม่ต้องการใช้อีกหรือเป็นสารเคมีที่เกิดขึ้นจากขบวนการของโรงงานอุตสาหกรรม จากการทดลองในห้องปฏิบัติการที่ใช้ประโยชน์ไม่ได้หรืออาจเป็นสารเคมีที่หกเลอะโดยบังเอิญ การทำลายสารเคมีในแต่ละครั้งมีวิธีการปฏิบัติไม่เหมือนกันนัก และบางครั้งก็อาจเกิดอันตรายในรูปแบบต่างๆได้ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับคุณสมบัติของสารเคมีที่ต้องการกำจัด
ปัญหาการทำลายสารเคมีเกี่ยวข้องกับเรื่องต่างๆหลายอย่างซึ่งบางครั้งอาจจะไม่สามารถหาวิธีที่น่าพอใจเพื่อแก้ปัญหาเหล่านี้ได้เสมอไป ในต่างประเทสมีบริษัทเอกชน หรือหน่วยงานของ
รัฐที่ให้บริการขนย้ายและกำจัดสารเคมีที่ไม่ต้องการ แต่บางทีก็ไม่ยอมรับแก้ปัญหาให้เพราะทางบริษัทหรือหน่วยงานดังกล่าวรับกำจัดสารเคมีบางประเภทเท่านั้น ดังนั้นจึงมีความจำเป็นที่ต้องหาทางแก้ไขด้วยตนเอง
วิธีการทั่วๆไปสำหรับการกำจัดสารเคมี ได้แก่ การเผาทิ้ง การฝัง การทิ้งลงน้ำ หรือการเปลี่ยนให้เป็นสารที่ไม่เป็นอันตรายก่อนทิ้ง
การเผาทิ้งเป็นวิธีที่ดีและใช้กันมาก สิ่งที่ต้องคำนึงถึงไว้ให้มากสำหรับวิธีนี้ คืออันตรายจากไฟที่ต้องนำไปเผาในที่ห่างไกลชุมชน ห่างจากตัวอาคารและควรจะขุดหลุมใหญ่และลึก จึงนำเอา
สิ่งที่ต้องการเผาไปไว้ในหลุมนี้พร้อมทั้งเชื้อเพลิง เวลาจุดไฟเผาก็ใช้วิธีต่อสายยาวไปจุดในที่ที่ไกลจากหลุมนี้และปลอดภัยพอ
การฝังเป็นวิธีที่ไม่ปลอดภัยนัก เพราะสารอาจสลายตัวซึ่งมีผลกระทบต่อระบบนิเวศน์
เช่น น้ำฝน อาจจะชะล้างลงสู่บ่อน้ำ จะก่อให้เกิดอันตรายต่อไป
การทิ้งลงน้ำเป็นวิธีที่ใช้ต่อเมื่อ สารที่จะทิ้งนั้นได้ตรวจสอบดูแล้วว่าไม่ทำให้เกิดอันตรายใดๆ ขึ้น รวมทั้งจะไม่ก่อให้เกิดสารแขวนลอยอยู่ในน้ำด้วย
การเปลี่ยนเป็นสารที่ไม่มีอันตรายหรือมีอันตรายน้อยลงก่อนทิ้ง เป็นวิธีที่ใช้กันมาก แต่ต้องอาศัยความรู้ทางเคมีเข้าช่วย
กรณีที่สารเคมีต้องการกำจัดเป็นสารที่หกเลอะโดยบังเอิญ ก่อนที่จะทำลายควรคิดหาวิธีเก็บสารนั้นขึ้นมาเสียก่อน ถ้าสารนั้นเป็นของแข็งก็ง่าย แต่ถ้าเป็นของเหลวจะมีปัญหามากขึ้น เนื่องจากของเหลวสามารถแผ่กระจายเป็นบริเวณกว้าง จึงจำเป็นต้องหยุดการแผ่กระจายนี้โดยเร็ว ซึ่งทำโดยใช้ตัวดูดซับโปรยลงไปในบริเวณที่เกิดอุบัติเหตุนั้น แล้วจึงเก็บขึ้นมาเพื่อเอาสารเคมี
ออกจากตัวดูดซับ แล้วจึงเลือกหาวิธีที่เหมาะสมในการกำจัดสารเคมีนั้นๆต่อไป
ในกรณีสารเคมีที่มีอันตรายหกเป็นจำนวนมากๆ การกำจัดหรือการทำความสะอาดพื้นที่บริเวณนั้นๆ จำเป็นต้องคำนึงถึงอันตรายดังต่อไปนี้คือ

- ความเป็นพิษ
- การติดไฟ
- การขาดออกซิเจนสำหรับหายใจ
- การระเบิด

ดังนั้นการทำความสะอาดและการกำจัดสารเคมีที่หก ควรจะวิเคราะห์และพิจารณาโดยละเอียดเสียก่อน ข้อที่ควรพิจารณาคือ

- สารเคมีนั้นคืออะไร
- สารที่เกิดอุบัติเหตุนั้นอยู่ที่ไหน บนพื้นดินหรือในน้ำ
- จะมีปฏิกิริยาทางเคมีเกิดขึ้นได้หรือไม่
- ปริมาณที่หก
- สภาพแวดล้อม
- มีอันตรายอะไรบ้างที่เกี่ยวข้อง

รายละเอียดเหล่านี้จะทำให้ตัดสินใจได้ว่า ควรจะเข้าไปแก้สถานการณ์อย่างไร ผู้ที่จะไปดำเนินการจำเป็นต้องมีเครื่องป้องกันตนเองที่ดีที่สุดเท่าที่จะทำได้